下一代测序（NGS）彻底改变了基因组学研究，可在一天之内完成整个基因组的测序。这种测序形式为科学家提供了超高通量，可扩展和快速的方法，可以回答来自广泛应用和生物系统的遗传问题。如今，NGS对任何生物学家来说都是必不可少的工具。
随着NGS的爆炸，对进入测序管线的高质量和高数量DNA提出了更高的要求。在这里，我们详细介绍了NGS的理想要求。
什么是NGS？
下一代测序（大规模并行，深度测序或第二代测序）用于描述几种现代测序技术，这些技术可对数百万个DNA片段进行并行测序。一旦产生了所有这些短读，生物信息学分析便将这些片段拼在一起。该过程多次对整个基因组进行测序，从而提供了深度和准确的数据。
如何为NGS验证DNA
进入NGS管道的DNA的质量和数量至关重要。对低质量的核酸进行测序将导致性能受损，甚至运行失败。因此，至关重要的是要有一个易于扩展的优化的DNA提取管线。
为了获得最一致，最可靠的测序流程，我们建议通过以下步骤验证DNA是否用于NGS：
-
轮廓表征
需要生成核酸图谱以评估样品中存在的核酸。这可以用琼脂糖凝胶或生物分析仪进行。该样本应具有以下内容：
高分子量基因组DNA
基因组DNA应该完整无剪切，在整个泳道上没有任何大的涂片。一些NGS工作流程会在测序过程中进一步片段化DNA。如果发生这种情况，可能会导致结果降低，或者可能会完全从测序运行中选择它们。
无RNA污染
要对基因组DNA进行测序，样品中不应存在任何RNA。尽管RNA可能不会阻止测序过程，但它可以人为地增加样品中存在的DNA的量（尤其是使用分光光度法）。
-
纯度
需要通过分光光度法（例如NanoDrop™2000）评估样品的纯度。通过分析各种波长下的吸光度，您可以根据吸光度值确定样品中是否存在任何污染物。理想情况下，NGS的DNA样品应进行以下测量：
260/280吸收率：〜1.8
该比率提供了样品中存在的DNA与RNA量的一般评估。〜1.8的比率通常对应于具有大量DNA的样品，而〜2.0的比率对应于具有大量RNA的样品。低于1.8的值可能表示蛋白质污染。
260/230吸收率：> 2.0
盐，EDTA，苯酚，碳水化合物和其他污染物都吸收约230 nm。较高的260/230比（高于2.0）表明在DNA样品中几乎没有这些污染物。260/230比率<1.5时，样品中存在大量污染物，这些污染物会对NGS工作流程中的多种酶促反应产生负面影响。
-
产量
荧光定量方法是NGS管线（例如Qubit™或Pico / RiboGreen™）的金标准，因为它们仅允许对DNA进行定量。但是，只要样品中不存在RNA污染，也可以通过分光光度法确定产量。
无论采用哪种方法，DNA均应具有高含量和高浓度。
在为NGS准备样品之前遵守这些要求将大大有助于减少测序流程中的任何问题。如果您的样品不满足这些纯度要求，请确保使用DNA纯化试剂盒来获得高质量的核酸。
文章翻译自zymo research（仅供参考） 原文后附